Født på Næsbyholm ved Sorø af adelige forældre, Preben Brahe og Susanne Giøe. Hun var adelsdame, godsejer, legatstifter og bogsamler, fik en både lærd og humanistisk opdragelse, modtog latinundervisning og styrede godset Næsbyholm fra 1683 til faderens død i 1708, hvor hun flyttede til det arvede Østrupgård på Fyn.
For driftsoverskuddet stiftede hun en skole, et hospital og i 1716 Odense adelige Jomfrukloster, et lærdomscenter på højt niveau og studiemiljø for adelige, enlige kvinder. Karen Brahe samlede bøger og håndskrifter, især ældre danske, som hun testamenterede til Jomfruklosteret sammen med det bibliotek, hun havde arvet fra Anne Giøe. Bog- og håndskriftsamlingen er det eneste af tidens privatbiblioteker, som er bevaret. Det rummer flere unica.
Udvalgt litteratur om forfatteren
Sv. Cedergreen Bech (udg.): Dansk Biografisk Leksikon, bd. 2, 1979
Palle Birkelund: "Om Karen Brahe - og de lærde Fruentimmere" i: DF-revy, 9. årg., nr. 195-199
Susanne Lykke Vølzgen Nielsen: "Bøger maler billeder – Karen Brahe set gennem sin bogsamling" i: Fynske årbøger, 1998
Anne Riising: Katalog over Karen Brahes bibliotek i Landsarkivet for Fyn. Håndskriftsamlingen, 1956